Los objetivos de CEJIP se orientan al mejoramiento de los procesos de transformación de la administración de justicia, y más específicamente a la construcción de un sistema penal respetuoso de la dignidad humana. En este sentido, una preocupación fundamental de CEJIP es la formación de estudiantes universitarios y jóvenes profesionales en un ámbito de respeto por los derechos fundamentales; para ello, se han establecido varios grupos de estudio sobre diversas temáticas con el fin de brindar un espacio académico abierto y libre a todo aquel interesado en trabajar por la construcción y respeto del Estado de Derecho. Actualmente, el CEJIP tiene en funcionamiento dos grupos de estudio: uno dedicado al derecho constitucional, y otro dedicado a los estudios penitenciarios.
Desde su formación, CEJIP ha considerado como prioritario el establecimiento de contactos con otras organizaciones que compartan sus objetivos. En ese sentido, realizamos un trabajo coordinado con la Pastoral Penitenciaria de Bolivia, desarrollando numerosas actividades de capacitación en conjunto, tanto a internos en los diferentes centros penitenciarios del país, como a los agentes pastorales. También consideramos prioritaria la consolidación de redes de trabajo que permitan facilitar la comunicación y la colaboración entre estas organizaciones, tanto a nivel nacional como latinoamericano. Así, actualmente el CEJIP es miembro de la Red Latinoamericana por la Democratización de la Justicia y de la Red de Organizaciones de la Sociedad Civil del Centro de Estudios de Justicia para las Américas (CEJA). Finalmente, consideramos de suma importancia la participación de la ciudadanía en nuestras actividades. Nuestra organización considera primordial la difusión de derechos y herramientas de cambio. La base de la construcción de una sociedad democrática está dada por el involucramiento del ciudadano común en las actividades de control a los poderes de gobierno.